התצוגה ההיסטורית של המוזיאון, מורכבת ברובה ממסמכים ותצלומים מארכיון המוזיאון ועוסקת בעיקר בארבעים השנים הראשונות לחיי המושבה. בתצוגה שני חדרים. בחדר הראשון: מוצגים התהוות רעיון ייסוד המושבה, קורות ראשית ההתארגנות של המייסדים, סיפור הקמת המושבה וראשיתה והנפשות הפועלות: זלמן דוד ליבונטין ראש קבוצת המייסדים, יוסף פינברג "השליח" והברון אדמונד דה רוטשילד. חלק חשוב בתצוגה זו תופס נושא "הראשוניות" של ראשון-לציון: רעיונות, סמלים ומעשים אשר נולדו במושבה וביטאו את תחיית עם ישראל בארצו, בתוכם: יצירת דגל כחול לבן לראשונה בעולם, התאמת מנגינה למילות "התקוה", הקמת "קרן קימת הראשונה לציון" ובית העם העברי הראשון ופיתוח מחרשת הברזל הראשונה בארץ-ישראל, כל אלה פרי רוחם ויצירתם של בני ראשון-לציון.

עוד בתצוגה דגם מיניאטורי של כיכר המייסדים הדגם מואר ומלווה בצלילים מן העבר. הדגם מציג את כיכר המייסדים (מקום ייסוד המושבה וכיום האזור בו נמצא המוזיאון) כפי שהייתה בראשית המאה העשרים. בדגם תוכלו לראות את מרכז המושבה של פעם על המבנה הטופוגרפי, הרחובות, המבנים והמתקנים הציבוריים, בתי האיכרים וחצרותיהם, הצמחייה, האנשים ובעלי החיים. כל זאת  בתקופה בה טרם החלו ניצני העיור לתת אותותיהם, לפני שנהרסו חלק מבתי המייסדים ואחרים שינו את פניהם.

בחדר השני בתצוגת בראשית מוצגים רעיונות המייסדים שעמדו בבסיס הקמת המושבה, כפי שבאו לידי ביטוי בחיי היום יום של ראשון-לציון. בתצוגה מבחר דמויות מקרב ראשוני המושבה, בניהם נחמה פוחצ'בסקי הסופרת העברייה הראשונה ולוחמת בעד זכויות הנשים, נעמן ואיתן בלקינד, אנשי ניל"י ועוד. בנוסף מוצגים ועד המושבה ופעילותו, מוסדות העדה בתוכם "האורקסטרה של ראשון" – תזמורת עברית ראשונה בארץ-ישראל, בית הספר העברי הראשון, חיי יום יום במושבה, עליית התימנים וראשון-לציון כמרכז חקלאי ציוני. בפרק זה מוצג התצלום היחיד אשר הנציח את ביקורו של הרצל במושבה בשנת 1898.